Для аппаратной реализации необходимо, чтобы схема конфигурирования ПЛИС соответствовала режиму "Remote system upgrade". Данный режим необходимо выбрать при помощи конфигурационных выводов MSEL0...MSEL3. В документе "Configuration Handbook" приведена таблица возможных режимов.

Из таблицы необходимо выбрать режим "Remote system upgrade fast AS (40 MHz)" или режим "Remote system upgrade AS (20 MHz)".
Более того, на всякий случай вывод ПЛИС nCONFIG соединён с выводом IO. Данное соединение позволит логике ПЛИС безпрепятственно произвести перезагрузку своей конфигурации путём выставления на этом выходе сигнала с логическим уровнем "0". Необходимо, чтобы этот вывод IO был сконфигурирован как двунаправленный вывод и в нормальном состоянии находился в "Z".
Для хранения признаков наличия новой рабочей прошивки, статуса корректности загрузки новой рабочей прошивки будет использована внешняя память EEPROM, имеющаяся на печатной плате. Больших объёмов хранения данных не требуется, поэтому подойдёт любая энергонезависимая память.
Для подключения логики ПЛИС к аппаратному блоку конфигурирования используется стандартная мегафункция ALTREMOTE_UPDATE, доступная через MegaWizard программы Quartus II. Запускаем MegaWizard, устанавливаем необходимые параметры.
Quartus II MegaWizard - Первое окно конфигурирования мегафункции:

Quartus II MegaWizard - Второе окно конфигурирования мегафункции:

Quartus II MegaWizard - Третье окно конфигурирования мегафункции:

Quartus II MegaWizard - Четвёртое окно конфигурирования мегафункции:

Как можно заметить, параметров у данной мегафункции сравнительно мало.

• Введение
• Формат данных
• Подключение ALTREMOTE_UPDATE к NIOS
• Программная реализация
• Текст программы драйвера с примерами использования на языке С